De acordo com o disposto no Decreto-Lei n.º 198/2012 de 24 de agosto, os sujeitos passivos de IVA têm de comunicar os documentos de transporte emitidos à Autoridade Tributária (AT), por um dos seguintes meios:
•Transmissão eletrónica em tempo real, integrada em programa informático, utilizando o webservice disponibilizado pela AT;
•Envio do ficheiro SAF-T (PT), exportado pelo programa informático certificado e recorrendo a aplicação de envio de dados disponibilizada no site e-fatura no Portal das Finanças;
•Através do serviço telefónico disponibilizado pela AT para o efeito, indicando os elementos essenciais do documento emitido e posterior inserção no Portal das Finanças até ao 5.º dia útil seguinte, nos casos em que sejam emitidos em papel.
Em caso de se verificar “inoperabilidade” dos sistemas da AT que suportam a gestão da comunicação dos elementos dos documentos de transporte, as entidades ficam dispensadas da comunicação prévia do transporte, ficando, no entanto, obrigadas a comunicar até ao quinto dia após o do transporte.
Esta comunicação terá de ser efetuada antes do início do transporte.

Dispensa da obrigação de comunicação dos documentos de transporte à AT:
•Sujeitos passivos que tenham obtido no ano anterior, para efeitos de IRS e IRC, um volume de negócios inferior a 100 mil euros
•Situações em que o destinatário é consumidor final.

Os documentos de transporte devem ser emitidos:
•Por via de sistema informático objeto de prévia certificação pela AT;
•Por via de software produzido pela própria empresa;
•Por programa de computador produzido internamente pela empresa ou pelo grupo, de cujos direitos de autor seja detentor
•Diretamente no portal das finanças;
•Manualmente em papel, utilizando-se impressos de tipografia autorizada

Por regra, os documentos de transporte devem ser processados em três exemplares, sendo o original e duplicado que acompanham os bens, o primeiro para o adquirente ou destinatário e o segundo para as autoridades de fiscalização, e o triplicado fica para arquivo do remetente.
Sempre que os documentos sejam emitidos por via eletrónica, dispondo o transportador de código fornecido pela AT, fica dispensado da impressão do documento de transporte.
De acordo com o novo modelo, as alterações ao local de destino das mercadorias ou a não aceitação imediata e total dos bens transportados devem ser anotadas pelo transportador nos respetivos documentos de transporte. Este documento deve ser comunicado através de telefone à AT até ao quinto dia útil seguinte ao do transporte.